Gen giả có cấu trúc tương đồng với gen thực sinh ra nó, thường có trình tự nuclêôtit giống như ở gen thực.[11] Tuy nhiên không gọi là gen tương đồng, vì các gen tương đồng là những gen ở nhiều loài cùng được kế thừa từ tổ tiên chung, ở tiếng Anh gọi là homologous genes.[12]
Gen giả mất chức năng hoặc cũng có khi có chức năng biến đổi so với chức năng của gen thực. Mất chức năng có thể xảy ra trong phiên mã, xử lý mRNA sơ khai và trong dịch mã. Nghĩa là gen giả có thể phát sinh do đột biến.[13]
Gen giả thường thiếu các intrôn nên mặc dù về mặt di truyền rất giống với gen ban đầu có chức năng thật, nhưng lại không tạo ra sản phẩm có chức năng, hoặc tạo ra sản phẩm thay đổi chức năng.[3]
